O ciclo do nitrogênio é essencial para a vida, envolvendo transformações entre compostos nitrogenados. A chuva ácida, ao reduzir o pH do solo e da atmosfera, altera os equilíbrios químicos dessas transformações. Em solos ácidos, a forma protonada da amônia (NH4+) é favorecida em detrimento da amônia livre (NH3), devido ao equilíbrio NH3 + H+ ⇌ NH4+. Isso impacta a disponibilidade de nitrogênio para as plantas e os processos de nitrificação, pois o NH4+ é a forma preferencialmente absorvida por muitos vegetais, mas sua oxidação a nitrato pode ser inibida em pH baixo.